Arvoredo - A Ilha é coberta por uma densa vegetação formada por grandes árvores de madeira de lei , daí o nome Arvoredo. Com 270 hectares de um relevo montanhoso distribuídos em 3.074 metros de comprimento, 1853 de largura e 300 metros de altitude é a maior da reserva. O Ibama possui uma base na baía Sul , ao lado do farol da Marinha, parte da ilha mais procurada para o fundeio de embarcações de pesca e de mergulho. Isso quando o vento não é sul!
A vegetação é praticamente intacta e a pesca controlada. A fauna é composta por lagartos , jararacas , tartarugas e a maior variedade fica por conta das aves que podem ser residentes fixas , aves marinhas ou migratórias . Distante 06 milhas naúticas da Ponta das Canas , em Florianópolis. Vale lembrar que o desembarque é proibido em toda Reserva.
Ilha do Macuco - Nome dado pêlos topônimos de origem indígena é uma ave da família dos tinamídeos, do porte de uma grande galinha.Não pertence a Reserva do Arvoredo , é separada do continente por um estreito canal com cerca de 500 metros de largura. Vista de terra não dá para perceber que é uma ilha . Não possui praia como todas as ilhas da Reserva , e a Mata Atlântica se faz presente em todo relevo.
Ilha da Galé - Ganhou este nome porque quando vista de um determinado ângulo, sua topografia se assemelha com o formato da antiga embarcação chamada Galé. Localizada ao Norte do Arvoredo, e distante 9km da praia de Mariscal , a Galé pertence a Reserva Biológica.
Sua vegetação não é tão densa como as outras ilhas e abriga um pequeno farol automático que voltou a funcionar durante poucos meses. Comparando-se com a Ilha do Arvoredo é de menor tamanho , possuindo uma vegetação de porte médio .Ainda esconde dois ilhotes não visíveis de terra. É o local de nidificação dos tesourões - Fregata magnificens - apresentando também nos seus arredores parcéis com corais a uma profundidade que varia de 10 a 20 metros.
Ilha Deserta - por apresentar uma superfície cinzenta, sem muita vegetação expressiva, rochosa e desabitada.Afastada a 3Km à Sudeste da Ilha do Arvoredo, possui um formato alongado com 1.052 metros de comprimento, por 175 metros de largura, sendo totalmente rodeada por costões. Sua vegetação é constituída por gramíneas onde se encontram muitos ninhos de pássaros; é utilizada como refúgio para alimentação e procriação nos meses de maio e junho.